CR400AF 和 CR400BF 的制造工藝存在不少差別。

外觀上，CR400AF 頭部玻璃平、側面有凸尖線，像海豚；CR400BF 頭部玻璃凸、側面平緩，像駿馬頭。

設計和生產廠家不同，CR400AF 由中車青島四方機車有限公司設計，生產商為中車青島四方機車和 BST；CR400BF 由中車長春軌道客車有限公司設計，生產商為中車長春軌道客車和唐山機車。

技術來源有別，CR400AF 更偏向 CRH380A 的扁平流線型造型，CR400BF 外形設計采納了 CRH380B 相對圓潤的外形。

風擋方面，CR400BF 量產型改用了壓縮式橡膠外風擋，是為了便于動所方面把編組拆開逐車大修等，還為了滿足跟 CR400AF 的風擋通用性需要。

牽引裝置設計不同，CR400AF 轉向架是單拉桿設計，回中力相對較弱，所以要有車間減振器，運行總阻力、總功率和總能耗略小于 CR400BF。

電機型號、功率也不同，CR400AF 電機型號是 YQ625/YJ302A，功率 625kW，總裝車功率 10000kW；CR400BF 電機型號是 YJ268A，功率 650kW，總裝車功率 10400kW。

兩種車型的起動加速度不同，CR400AF 是 1.908km/h/s，CR400BF 是 1.764km/h/s。

衍生車型也多樣，CR400AF 有 CR400AF-A、CR400AF-B 等；CR400BF 有 CR400BF-A、CR400BF-B 等。

技術參數相對一致，保障了線路、站臺、檢修廠房等可共用，關鍵部件可通用。