杭州限牌合法性的爭議點主要有以下幾個方面。

一是程序問題，限牌未事先征求意見，違反了相關規(guī)定，如《浙江省重大行政決策程序規(guī)定》要求涉及交通管理等社會管理重要事務的決策需經(jīng)過專家論證、風險評估、公眾參與等環(huán)節(jié)，且征求公眾意見不得少于 20 日，而杭州限牌沒有經(jīng)過這些程序。

二是干預自由市場交易，有損政府公信力，比如當天上午還在辟謠，晚上就宣布限牌。

三是法律依據(jù)不足，被指違反國務院《關于加強市縣政府依法行政的決定》《浙江省行政規(guī)范性文件管理辦法》《行政許可法》等法規(guī)。

四是限牌方式不夠科學合理，比如公共部門未起到垂范作用，杭州對于機關和事業(yè)單位的車輛指標未納入機動車總量控制范圍。

五是限牌的實際效果存疑，有觀點認為杭州交通擁堵的根源是城市交通建設沒跟上，限牌并非改善擁堵的關鍵因素。

要解決這些問題，首先政府應完善決策程序，提前公開論證，廣泛征求民意，舉行聽證。其次，明確合理的法律依據(jù)，確保限牌措施有法可依。再者，科學制定限牌方案，兼顧公平與效率，例如將公共部門車輛納入管理。最后，加大城市交通建設力度，從根本上解決擁堵問題。