自動擋和手動擋在科目二考試上存在一些差異：

1、考試項目：手動擋的科目二考試包括坡道定點停車和起步、倒車入庫、側方停車、直角轉彎、曲線行駛這五項。而自動擋的科目二考試則只有倒車入庫、側方停車、直角轉彎、曲線行駛這四項。

2、操作方式：在手動擋考試中，考生需要掌握離合器的控制，進行手動掛擋和倒車。而自動擋考試中，考生無需操作離合器，只需要掌握剎車和油門的控制，考試過程中不必擔心熄火的問題。

3、駕駛車型：手動擋考試使用的是手動擋汽車，而自動擋考試則使用的是自動擋汽車。

4、駕照類型：通過手動擋考試后，獲得的是C1駕駛證，允許駕駛手動擋和自動擋汽車。而通過自動擋考試后，獲得的是C2駕駛證，只允許駕駛自動擋汽車。