電子油門加速器的缺點一般包括增加油耗、加大操控難度以及在某些特殊路況下存在安全隱患等。

增加油耗方面，由于電子油門加速器提升了油門響應，駕駛風格會更趨于激烈，這必然導致油耗有所上升，雖說增加幅度不算很高，但長期累積下來也是一筆不小的開支。

操控難度加大是另一個問題。對于手動擋車型，加裝電子油門加速器后，油門變得更靈敏，起步和換擋時與機油的配合會更困難，容易出現(xiàn)加油不暢或車輛熄火的情況。

在夜間行車、視線不良、雨雪天氣導致路面濕滑時，電子油門加速器的激進加速風格會增加行車危險。因為無論路況如何，駕駛者都會不自覺地執(zhí)行加速動作，這對駕駛技術(shù)提出了更高要求。

不過，電子油門加速器也并非一無是處，它能提高油門響應靈敏度，讓駕駛者感受到更直接的動力輸出。

至于電子油門加速器的缺點是否會降低車輛的保值率，這并沒有明確的定論。車輛保值率通常受多種因素影響，如品牌、車型、車況、市場需求等。電子油門加速器的加裝可能在一定程度上影響潛在買家的購買意愿，但并非決定性因素。