汽車登記證書丟失辦理的流程如下：

首先，車主準備好所需資料，包括機動車所有人身份證明原件和復(fù)印件、《機動車牌證申請表》、機動車查驗記錄表。如果是單位的車，還需提供單位的統(tǒng)一社會信用代碼證原件及復(fù)印件，加蓋公章的委托書，經(jīng)辦人身份證原件及復(fù)印件（暫住人口還需居住證原件及復(fù)印件）。

然后，車主開車到車輛注冊地車管所及各服務(wù)站申請辦理。車輛通過專門的查驗通道，直接到查驗點進行查驗。車管所工作人員對車輛查驗完成后，車主到查驗服務(wù)處確認信息。

接著，車主到業(yè)務(wù)大廳導(dǎo)辦服務(wù)臺裝訂手續(xù)，排隊等待辦理。裝訂手續(xù)后，在等候區(qū)等待叫號辦理業(yè)務(wù)，到對應(yīng)窗口進行辦理。攜帶受理憑證到收費窗口交費。

最后，車主到取證窗口打印機動車登記證書，補辦完成。

需要注意的是，根據(jù)《機動車登記規(guī)定》第 124 號令第五十四條規(guī)定，機動車所有人可以委托代理人代理申請各項機動車登記和業(yè)務(wù)，但申請補領(lǐng)機動車登記證書的除外。特殊情況是機動車所有人因死亡、出境、重病、傷殘或者不可抗力等原因不能到場申請補領(lǐng)機動車登記證書的，可以憑公證機關(guān)公證過的相關(guān)證明和機動車所有人書面委托，委托代理人代理申領(lǐng)。